La costruzione del monastero iniziò nel 1178, dopo circa 25 anni dall’arrivo dei monaci cistercensi nella regione di Alcobaça. All’inizio i monaci vivevano in case di legno, e si trasferirono in quelle di pietra solo nel 1223. La chiesa venne completata nel 1252. Chiesa e monastero furono i primi edifici gotici del Portogallo.

La facciata principale del monastero ha due ali in stile barocco che racchiudono la chiesa. La facciata è un misto di stili: il portone ed il rosone fanno parte della chiesa originale, mentre le statue e le due torri sono state aggiunte all’inizio del diciottesimo secolo dall’architetto João Turriano. Le mura laterali della chiesa hanno una merlatura, mentre l’abside possiede otto archi rampanti per supportare il peso della volta, tipica caratteristica dello stile gotico.